Hovedøya landskapsvernområde
Hovedøya landskapsvernområde, opprettet ved kgl. res. 19. mai 2006. Verneområdet omfatter mesteparten av øyas landareal samt en 50 m bred sone med sjøareal rundt hele øya. Det samlede vernearealet utgjør 0,79 km2.
Det gamle klosterområdet er automatisk fredet etter kulturminneloven og inngår ikke i verneområdene.
Hovedøya er spesielt verneverdig pga. plantelivet og sitt rike kulturlandskap. Anslagsvis 392 plantearter vokser på øya, av disse står minst 13 på den nasjonale «rødlista» over truede arter.
På Hovedøya er all vegetasjon fredet, inkludert døde busker og trær. Det er forbudt å fjerne planter eller plantedeler fra reservatene. Nye plantearter må ikke innføres. Planting eller såing er ikke tillatt. Telting og motorferdsel er forbudt. Enhver ødeleggelse av berggrunnen er forbudt, herunder hammerbruk, boring, sprenging og innsamling av prøver fra fast fjell. Likeledes er det forbudt å risse eller male inn tegn eller figurer på fjell eller steinblokker. Det er tillatt å sanke bær og matsopp og å fiske.
Verneområdet består av i alt fire deler:
Hovedøya landskapsvernområde omfatter alt sjøareal og strandsonen på øyas midtre del og i nordøst. I alt 385 daa, hvorav ca. 279 daa sjøareal. Formålet med vernet er å bevare et vakkert, særegent og historisk verdifullt natur- og kulturlandskap, samt et rikt planteliv og vitenskaplig interessante geologiske forekomster som bidrar til å gi området dets karakter. Deler av området har spesiell betydning som voksested for sjeldne plantearter og -samfunn.
Hovedøya landskapsvernområde med plantelivsfredning består av to atskilte områder med samlet areal 107 daa. Det nordligste strekker seg fra vest- til østkysten i nordøstlig retning. Det andre og større området utgjøres av øyas sørvestlige del. Vernebestemmelsene er strengere i dette området enn i resten av landskapsvernområdet, og det er bl.a. forbudt å fjerne planter eller deler av planter.
Vestre Hovedøya naturreservat. Vestre Hovedøya naturreservat dekker et areal på ca. 56 daa. Det ligger i det nordvestre hjørnet av Hovedøya. Formålet med fredningen er å bevare områder med særpregete og artsrike vegetasjonssamfunn på kalkrik berggrunn, med mange sjeldne plantearter. Formålet er videre å bevare interessante geologiske forekomster. Området har stor vitenskapelig og pedagogisk betydning.
Østre Hovedøya naturreservat. Østre Hovedøya naturreservat dekker et areal på ca. 158 daa og utgjøres av øyas sørøstlige del. Formålet med fredningen tilsvarer naturreservatet på Vestre Hovedøya.